消化内科的发展带动和促进了消化内镜专业的发展。在中国纤维胃镜诊治奠基人之一郭孝达教授的带领下，我国自行设计的第一台纤维胃镜于1973年在上海研制成功；在此基础上1976年成功研制了我国具有世界先进水平的彩色电视胃镜，并分别获得上海市及国家重大科技成果奖。郭孝达教授在我国早期胃癌的诊断研究中取得了开创性成就，他领衔的《微小型胃癌内窥镜诊断技术》获得1985年卫生部乙级科技成果奖，他主编了我国第一部《早期胃癌的内窥镜诊断》专著。在郭孝达、周岱云、许国铭及徐富星等上海老一辈内镜专家的带领下，1978年起逐步开展多项内镜治疗项目，如息肉的高频电切、硬化剂止血、狭窄的扩张及异物取出等；1979年，周岱云教授在上海实施了我国首例经内镜奥迪氏括约肌切开术治疗胆总管结石，标志着中国治疗性ERCP时代的开端，为上海市消化内镜的蓬勃发展奠定了坚实的基础。
自20世纪80年代起，在上海市医学会的组织下，上海消化内镜专业方面的学术活动就已陆续开展。为普及和提高消化道肿瘤的检查及诊断技术，1980年9月，首届“消化道内窥镜学习班”成功举办。此后数年间，开展了多次有关纤维内窥镜国内外进展报告会和培训班。1984年11月，全国消化系内窥镜学术会议在上海召开，展示了我国消化系统内窥镜应用技术的现况和发展，来自全国各地的200多位代表参加了会议。1982年，周岱云、李石、许国铭教授主编出版了《上消化道纤维内窥镜的临床应用》一书，这是我国最早有关消化内镜诊断和治疗技术的学术专著之一。1986年，周殿元和徐富星教授主编了国内第一部结肠镜专著《纤维结肠镜的临床应用》。1992年，上海市医学会消化内镜专科分会正式成立，周岱云教授任首届主任委员。
一、主要学术活动及继续医学教育
1992年4月，第二届国际治疗内镜及胃肠病学术会议在长海医院召开，会上由国内外著名内镜专家作了内镜的操作示范，是国内首次举办有现场内镜操作实况直播的学术大会，同时举办了一期内镜护士学习班。1993年，在第十届香港国际内镜治疗会议上徐富星教授进行了双人结肠镜操作演示，这是国内内镜专家首次在境外的操作演示。2000年11月，由中华消化内镜学会与香港消化内镜学会联合主办、上海市医学会承办、仁济医院协办的第六届国际消化内镜学术会议在上海国际会展中心召开，本次会议在西部建立分会场，并进行了现场实况传播，由仁济医院进行消化内镜现场操作演示转播。2001年11月，第二届DDW China学术会议在上海召开，由华东医院进行消化内镜现场操作演示转播。2010年11月，第17届国际内镜超声研讨会于上海国际会议中心举行，国际内镜超声研讨会每两年在欧洲和美国轮流举行，本届首次在中国举办，由长海医院主办，分会专家积极参与，共一千余位代表参会，会场气氛热烈，取得良好的成果。2013年9月，世界胃肠病大会暨2013亚太消化病周(Gastro2013APDW／WCOG)在上海世博中心隆重召开，本届WCOG大会是首次在中国举办，分会专家也积极参与组织，共有来自122个国家的近万名代表参加，涵盖消化、内镜、肝病、外科、护理等多个领域。
近年来，专科分会坚持举办一年一度的学术年会。自2011年起，还与消化系病、肝病等5个专科分会共同主办东方消化病大会，这是上海市医学会东方品牌系列会议之一，每2年一届，至今已成功举办四届，在业内具有广泛影响和良好声誉。
此外，近年来专科分会还协办各委员单位每年举办的内镜专题会议，如：中山医院主办的ESD高峰论坛；瑞金医院主办的中日消化道肿瘤诊治论坛；仁济医院主办的小肠疾病诊治专题研讨会；东方肝胆医院主办的东方胆胰内镜论坛等。这一切提升了上海消化内镜诊治的整体水平，扩大了上海市医学会消化内镜专科分会在国内外的影响力。
二、医学成就
长海医院近年获得多项消化内镜临床研究的国家及上海科技奖项，主要有“胃，十二指肠镜微创技术的研究与应用”、“消化道智能胶囊内镜系统的研制与临床应用”、“重大胰腺疾病诊疗体系创新及关键技术的应用”分获2005、2010及2013年获国家科技进步奖二等奖；“胰腺癌早期诊断和综合治疗新模式的临床应用”及“急慢性胰腺炎发病机制研究及治疗新模式的临床应用”分获2011及2013年度上海市科技进步奖一等奖；“胰腺癌早期诊断和综合治疗研究”获2010度上海医学科技奖一等奖。仁济医院“胶囊内镜和双气囊内镜在小肠疾病诊断中的应用”获2008年度上海市科技进步奖二等奖；“小肠内镜在临床中的应用研究”获2009年度国家教育部优秀成果奖二等奖。瑞金医院“小肠疾病规范化诊治流程的临床应用研究及推广”分别获得2011年度上海市科技进步奖三等奖、2013年度上海医学科技奖（成果推广）及2014年度华夏医学科技奖三等奖。东方肝胆外科医院“胆管良性狭窄的内镜介入治疗”获2012年度上海医学科技奖二等奖。中山医院“ESD治疗胃肠道早癌和粘膜下肿瘤”及“内镜微创治疗食管疾病技术体系的创建与推广”分别获得2010年度及2016年度上海医学科技奖一等奖。
上海消化内镜专家还牵头制定了多项我国消化内镜诊治指南并主编多部消化内镜诊治和相关技术的专著。
三、学会荣誉
荣获上海市医学会2008年度优秀专科委员会，以及2009年度、2011年～2014年度表扬专科委员会。