邵凌云长期致力于感染性疾病的临床和相关研究工作,曾作为访问学者至美国伊利诺大学芝加哥分校微生物与免疫学系进行课题研究。目前以第一作者或通讯作者发表论文50余篇,包括SCI文章近40篇。作为课题负责人,先后承担国家自然科学基金三项、十二五传染病重大专项任务级课题、十三五传染病重大专项子课题以及上海市科委课题。先后获得华山医院优秀人才奖励计划、上海市公共卫生优秀青年人才培养计划和上海市科技启明星计划的资助,2011年以第二完成人身份获得上海医学科技奖二等奖,2013年以第二完成人身份获得中华医学科技奖三等奖。2015年获得上海市卫生系统第十五届“银蛇奖”。2021年获复旦大学三八红旗手称号,作为负责人带领华山医院感染科医护团队获2019-2020年度上海市三八红旗集体称号和2023年全国巾帼文明岗。