20世纪50年代初各种传染病、寄生虫病肆虐严重，上海市医学会率先在组织上、学术交流方面恢复了活动，先成立了内科专科分会，下设多个专业学组，其中之一为传染病学组，由戴自英、杨宜教授分别担任正副组长，开展针对季节性传染病、寄生虫病的诊治、流行病学、预防等学术报告或讲座，以提高从事传染病、寄生虫病防治的各级医务人员的业务水平。1980年，全国传染病与寄生虫病会议在郑州召开，鉴于当时上海还未成立传染病与寄生虫病专科分会，会后戴自英教授向上海市医学会建议组建上海市医学会传染病与寄生虫病专科分会，并于同年正式成立，戴自英教授任第一届委员会主任委员。
一、主要学术活动及科普活动
1982年，举办病理讨论会、传染病医师进修班,并组织编写《结核性脑膜炎》、《感染性腹泻》、《乙型肝炎免疫电镜》、《血吸虫病、肝炎后肝硬化、肝昏迷》、《非致病性寄生虫》、《传染病的进展》等专著。1983年7月，召开讨论会修改部分病毒性肝炎防治方案，作为1983年10月召开的全国传染病、寄生虫病学术会议的一项内容。1985年2月，讨论修订了病毒性肝炎防治方案，并进一步制订了1985年肝炎攻关计划。1988年8月，第一届中美传染病学术会议在上海举行。1992年9月、 1995年5月、1997年10月，在上海分别召开了第二届至第四届。2001年11月，承办了中华医学会第7次全国感染病学术会议。2002年9月、2004年10月先后召开了第一、二届中青年传染病会议。2002年～2006年，由上海市医学会感染病、肝病、消化系病专科分会联合举办了三届沪港肝病国际学术研讨会，每两年一届，交替在上海、香港两地举行。 2011年6月，与美国华人临床微生物协会联合举办了“第六届中美感染病学术会议和第七届中美微生物年会联合会议”，此后每两年举办一届。2011年起，举办感染性疾病疑难病例讨论会，每年至少4次。2014年7月，组织召开首届东方感染病-肝病论坛。2016年7月，举办第二届东方感染病-肝病学论坛。
在公共卫生防治领域，专科分会也发挥了积极作用。2003年3月，组织召开了全市第一次SARS防控专题报告会，这次会议拉开了上海市防控SARS的序幕。2003年，成立了“上海市传染病质量控制中心”。2004年3月，在瑞金医院召开了第一次禽流感防治方案研讨会，修订了由上海市传染病医院起草的《上海市禽流感防治方案》。2005年，在上海市卫生局科教处组织下由本会专家进行了全市各医院医疗骨干禽流感防治知识学术讲座。2005年，我国部分地区发生猪链球菌感染，专科分会适时举行了学术交流会。2008年，手足口病在安徽阜阳流行，组织以儿科传染病为主的多名医务工作者在事件发生后不久即赶赴阜阳，在指导当地医务工作者实施救治方面均发挥了重要作用。2009年4月，新型甲流H1N1病毒疫情在全球肆虐，积极参与上海市甲流防控政策的制定和及时更新。2010年世博会召开前后，培训二级医院以下传染病科医生和负责世博保障的一线指挥人员，保障世博会期间无重大感染病发生。2013年年初，发现了我国第一例人感染H7N9禽流感临床病例并发出预警。
参与上海市“合理使用抗生素”科普教育活动，成立了由11名专家组成的上海市合理使用抗细菌药物科普专家指导小组。7月28日是“世界肝炎日”，每年举办大型义诊公益活动。
二、医学成就
1984年5月，我会医学专家、中国预防医学科学院寄生虫病研究所所长毛守白教授在日内瓦第三十七届世界卫生大会上接受世界卫生组织授予的“1984年里昂•伯尔纳基金奖”，为中国和西太平洋地区获此奖项的第一人。专科分会在2003年上海市8例SARS患者的诊治中发挥了重要作用。在H1N1甲流疫情和人感染H7N9禽流感疫情中，专科分会再次组织上海市感染病专家和医务人员，共同抗击病魔，鉴定病原体，最终成功控制了疫情。2014年～2015年西非埃博拉病毒肆虐期间，积极组织相关人员培训，并全力配合国家、市卫计委组建援非医疗队，撰写相关抗埃诊治指南。
三、学会荣誉
荣获上海市医学会2003年度、2007年度、2011年度、2014年度优秀专科委员会，以及2005年度、2010年度、2016年度表扬专科委员会。