1993年中华医学会全科医学分会成立，标志着中国全科医学的诞生。1994年杨秉辉教授在复旦大学附属中山医院创立全科医学科，开辟了我国在临床医学领域建立全科医学科的先河。2000年中山医院在国内率先探索全科医师规范化培养的道路。2002年复旦大学上海医学院建立了国内首个立足于临床医学专业的全科医学系，2003年成为我国最早在全科医学领域（临床医学专业）探索研究生学历学位教育的单位。为顺应本市社区卫生服务中心与全科医学发展的要求，由陈灏珠、汤钊猷两位院士倡议，祝墡珠、孙晓明、鲍勇、梁鸿四位教授作为发起人,上海市医学会全科医学专科分会于2006年10月27日正式成立。
一、主要学术活动及科普活动
2006年12月，分会第一次学术年会在中山医院召开，此后每年年会成为本市全科医学最重要的学术交流平台。2010年8月，承办“中华医学会全科医学分会第八届学术年会”。2013年5月，主办国际性学术会议“东方家庭医生论坛暨中华医学会全科医学分会第十一届学术年会”，是迄今为止中国最大规模的全科医学盛会。2014年7月，在上海国际会议中心举行“东方家庭医生论坛暨中华医学会全科医学分会学术年会”。2016年9月，在中山医院举办上海市全科医学年会。
2008年起，以学术沙龙形式开展继续教育，围绕全科医生临床能力提升，以社区实际病例为讨论基础，以专家点评和相关临床专题讲座为特色。截止2016年12月，共举办了108期全科医学学术沙龙，约9400人次参加。优秀论文发表在《中华全科医师杂志》，并在《中国医学论坛报·全科医学周刊》上开设专栏，24小时医学频道对每期沙龙做现场直播。2012年，为配合上海市家庭医生制度建设，受上海市卫计委委托开展社区家庭医生临床能力培训，完成本市18个区县共计1023位家庭医生临床能力培训和相关考核，为本市家庭医生签约服务提供了人力保障。
分会长期开展科普宣传、讲堂、义诊、编写科普读物等活动，共发表科普文章数十篇，健康讲座50余次，受益数万人。2012年1月至2013年8月，与新民晚报合作举办“新民大讲堂”——走近身边的健康顾问。2016年4月，举办“宣教中心健康文化直通车”活动，并在全年开展社区健康科普课题项目，参与人数近万人。2016年，开展“家庭医诗·放飞梦想”家庭医生诗歌作品征集活动，创作世界家庭医生日主题歌和MV，设计制作家庭医生制度宣传展板，开展居民科普讲座和义诊活动，通过电视、广播、刊物、图书、网络等宣传家庭医生服务。2016年5月，分会首次成功举办以“家庭医生· 呵护您的健康”为主题的世界家庭医生日主题科普活动，将“学术、艺术、人文、科普”相结合，设置浦东潍坊社区主会场和其他9个社区分会场，通过现场访谈、诗颂歌咏、展板宣传、专家咨询、科普和学术讲座等，宣传和推进家庭医生“1+1+1”签约服务。
二、医学成就
祝墡珠教授领衔的全科医学学科建设和人才培养项目陆续获得2011年上海医学科技奖三等奖、2013年上海市教委颁发的高等教育上海市级教学成果奖特等奖和2014年教育部颁发的高等教育国家级教学成果奖二等奖。2014年中山全科规范化培训获得世界全科/家庭医生学会（WONCA）毕业后医学教育标准认证，中山医院也成为全球首家通过该认证的单位。
孙晓明教授主持上海市农村合作医疗制度建设项目，为本市农村基本医疗保障提供科学依据，荣获2013年上海市科技进步奖二等奖；此外，孙晓明教授主持的“社区高血压自我管理模式研究与应用”获2014年上海市科技进步奖二等奖，史玲主任主持的“乳腺癌患者康复期社区干预”和“社区骨质疏松防治适宜技术研究与应用”等分别获得2010年和2012年上海医学科技奖（社区卫生），推动社区慢性病的科学管理。
三、学会荣誉
荣获上海市医学会2011年～2015年度优秀专科委员会，以及2009年～2010年度表扬专科委员会。