上海市医学会神经内科分会的发展开始于1951年，专业涵盖了神经内科与精神科， 1979年恢复学会的活动，组建新一届上海市医学会神经精神科学会，此时专科分会涵盖神经内科、精神科、以及神经外科三个专业。1982年根据学科发展的需求，分别成立相应的专科分会学术组织，正式成立上海市医学会神经内科专科分会，周孝达教授担任首届主任委员。至2016年，共有脑血管病、神经免疫性疾病、癫痫、帕金森病与运动障碍、痴呆与认知障碍、周围神经病与肌病、神经生化与神经遗传等学组，同时新增青年委员会。
一、主要学术活动及科普活动
2008年始，每年9月由上海市医学会神经内科专科分会主办的“脑健康公益宣教活动”至今已走过九个年头，呼吁全社会关注记忆，关爱身边的老年人，提高对痴呆疾病的正确认识，早期诊断、早期干预，传播脑科学，促进脑健康。
2013年底，为了传承和发扬历史悠久的全市神经内科临床病理讨论会（CPC），上海市医学会神经内科专科分会经汪昕教授提议，召集上海市10家三甲医院神经内科业务骨干成立上海市CPC工作小组，卢家红教授担任组长。2016年底，经管阳太教授建议，吸收青年委员进入CPC工作小组，推出类似贝勒医学院的临床病例讨论模式，采用非常喜庆欢乐的“拆锦囊”找思路的方法，以吸引更多的临床医生积极参与并进行互动，并与神经影像和神经外科等专家合作，开展多学科的神经影像读片会，从而更好地提高上海神经科医生的临床诊断思路、开阔视野。
自2012年起，上海市医学会神经内科专科分会成功举办了六届“东方神经病学会议”品牌会议，打造全国神经病学同道汇通合作、与国际间学术交流的平台，会前刘振国等教授参与的国家级继续教育项目《临床神经病学进展》主要针对临床住院医师基地、专科医师基地医师以及年轻医师的三基培训及拓展学习，内容涉及神经科常见病的诊断思路、治疗原则与展望，以及临床技能培训，着重培养年轻医生的临床技能和医疗诊治的整体观。
二、医学成就
1950年，华山医院著名神经病学家张沅昌教授率先创建神经内科，并成为卫生部神经科医生培训和教育基地。1960年，张沅昌教授主编的《神经病学》全国统编教材开中国神经病学教育之先河，对后辈神经科医生的教育做出了重大贡献。由仁济医院钱可久教授担任主编、上海市卫生局主管、仁济医院神经科承办的《神经病学与神经康复学杂志》于2004年创刊。 2012年，陈生弟教授团队与国际著名出版公司Springer合作创办中国神经病学界第一本以转化医学研究为宗旨的国际英文杂志《Translational Neurodegeneration》。
张沅昌教授提出 “血吸虫卵大脑中动脉栓塞理论”是脑血吸虫病的主要发病机制，为我国血吸虫病的防治工作做出了重大理论贡献。刘道宽教授通过病理研究证实中国首次诊断多发性硬化病例发表于《Neurology》1967第17卷、陈汉白教授发现了“chess癫痫”和“card癫痫”两种特殊反射性癫痫等诸多临床研究工作在中国神经病学的早期发展历程中都留下了闪光的一页。董强教授团队2011年牵头承担上海市新三年公共卫生行动计划“上海市脑卒中预防与救治服务体系”建设项目，为上海构建三级脑卒中预防与救治的慢病管理体系作出贡献。陈生弟教授团队承担国家科技部“973”、“863”等多项有关帕金森病及运动障碍临床与基础研究项目，获得国家和省部级科技进步奖26项。分会专家还积极参与神经内科医疗质量控制中心工作，以脑卒中单病种质量管理为抓手，统一制定相关质量标准，规范了医疗行为、保证了医疗安全的质量。
三、学会荣誉
荣获上海市医学会2007年度、2013年～2016年度优秀专科委员会，以及2003年度、2011年度表扬专科委员会。