解放前即有“上海外科学会”组织，至1947年10月25日，召开中华医学会外科学会上海分会成立大会，到会者约10人，并商定每季集会一次，分会职员经选出后任职以一年为限。至1950年有会员30余人。1951年9月，在季会上决议扩大组织改为委员会制。1957年2月17日，外科分会临床麻醉组在上海第二医科大学附属广慈医院举行成立大会及第一次学术活动。1979年，举行复会后第一次全体委员会会议。
一．主要学术会议、对外交流等
20世纪50年代，学术气氛非常浓厚，定期举办各种学术活动，其中不乏较为大型的会议。例如1954年11月石美鑫医师主讲“肺切除治疗肺结核312例分析报告”，到会听众达600余人。1955年11月举行外科学术会议，到会听众400余人。1956年10月介绍苏联先进医学——氨水洗手法，听讲人数达900人。1979年专科分会复会后，开展了一系列高质量的专题学术活动。
（一）普外科 1982年10月，召开普通外科学术论文报告会，会上报告了24篇论文。1984年2月，举行临床病例讨论会，并复习了慢性胰腺炎的文献。同年11月，召开普外科学组年会，共收到论文188篇，其中93篇在大会及小组交流。1985年，普外科学组从专科分会中独立出来，正式成立普外科专科分会，此后区域的学术活动就在普外科专科分会的基础上开展。1995年4月，承办了由中华医学会外科学会委托的第六届全国胆道外科学术会议。2001年11月，组织召开中华医学会第14届全国外科学术会议，出席会议人数多达1200余人，大会收到论文1100余篇。2005年12月，举行了上海市普外科年会，给上海的外科医生提供了一个覆盖面广、内容博大精深、全面的一个上海市外科年会，取得了非常好的效果。此后，普外科专科分会每年召开一次年会，成为上海普外科医生的一个重要学术平台。
（二）泌尿外科 上海市泌尿外科在20世纪50年代基本形成现在的格局。中山医院熊汝成、华山医院沈家立、瑞金医院程一雄、仁济医院王以敬、新华医院曹裕丰、长征医院贺宗理、长海医院马永江等教授都是上海第一代实力派学科带头人。1985年上海市医学会泌尿外科专科分会的成立，是上海泌尿外科发展史上的一件大事，在其组织下，相继开设了青年学组学术活动、每月1次学术讲座、青年英语学术讲座等，有的活动至今还在继续，并在每年举办上海市泌尿外科学年会。
（三）整形外科 上海市医学会整形外科专科分会前身是上海市医学会外科专科分会下属的整形外科学组。1982年5月，第一次全国整形外科学术大会在上海隆重召开，这是建国以来的第一次全国整形外科界的盛会，会议期间成立了中华医学会外科学会整形外科学组，第九人民医院张涤生教授、瑞金医院史济湘教授任副组长职务。在此背景下，1984年上海市医学会整形外科分会正式成立，分会成立后相继开展了一系列的学术活动。
（四）血管外科 1999年11月，由上海市医学会、新华医院主办了“首届上海-东京血管外科学术交流研讨会”，来自日本东京近30名血管专家与中国专家就“血管外科的疑难杂症病例”及“21世纪血管外科的新技术和新进展”等议题，进行了研讨和交流。此后每年定期在东京、上海分别召开学术会议。2001年5月，上海市医学会承办、中山医院血管外科协办了在上海举行的第六届全国血管外科学术会议。2017年8月，正式成立了上海市医学会血管外科专科分会。
（五）东方外科大会 2016年开始，以外科、普外科、小儿外科专科分会为主，联合骨科、，麻醉科，整形外科和胸外科专科分会，成功举办了第一届东方外科大会，参会代表超过800人，这是上海外科界的一次大联合，会议设院士论坛和八个分会场，就不同领域的热点和焦点问题展开学术交流，实现学科融合，横向交流，令人耳目一新，大会取得了圆满成功。
分会也积极开展对外交流活动。1955年1月，我会黄家驷、兰锡纯、吴英凯、崔义田医师4人一行参加了苏联外科学会第26届全苏会议。1957年，我会会员沈克非医师、吴在东医师出席了在墨西哥举行的国际外科学会第十七届大会。1988年3月，由上海市医学会主办了第一届中日消化道外科学术交流会，以后每年在双方国家轮流召开，除了上海专家以外，参加交流的人选已逐步扩大到了国内各主要城市，在全国产生了较大的影响。
专科分会也积极协助政府开展工作。1951年5月，决定成立外科医事纠纷研究委员会，聘请本市外科、骨科、泌尿科以及麻醉等科经验丰富的专家15人为委员，凡发生医事纠纷需协助者，均由该会负责研究提供意见，协助当局解决了情节较为复杂的问题。1955年1月，举行1955年度第一次委员会议，决议成立学术讲演组及医疗事故咨询组。1952年6月，在全国举办公费治疗的前夕，因本市各医院各科专门人才缺乏，外科学会召集全体会员开动员大会，发动会员响应政府号召，参加公费医疗机构服务，会员们积极响应。
二、医学成就
1950年12月，右侧额叶胶质瘤患者经中山医院神经科主任张沅昌诊断、院长沈克非手术，获得成功，填补了中国神经外科领域的空白。1953年，中山医院石美鑫教授成功实施体—肺分流术治疗法乐氏四联症。1954年2月，宏仁医院（现胸科医院）兰锡纯、黄铭新教授等在国内首先施行风湿性心脏病二尖瓣狭窄闭式心内分离术，获得成功。1963年1月，第六人民医院陈中伟、钱允庆等医护人员为被冲床完全切断左前臂的工人实施断肢再植手术，获得成功，被当年在罗马举行的第十二届国际外科会议认为属世界医学史上的创举。1963年2月，长海医院肝外科研究组吴孟超教授等施行的中肝叶切除术获得成功。1965年6月，长海医院心血管外科研究组蔡用之教授等在国内首次应用国产笼架硅球人工瓣膜为患者施行二尖瓣置换术，获得成功。1966年，华山医院骨科医师杨东岳和中山医院医师石一飞合作，首创应用第二足趾游离移植再造拇指成功。1977年10月，瑞金医院外科董方中、林言箴等施行国内首例同种原位肝移植手术获得成功，患者存活54天，获卫生部1979年科技进步奖一等奖。1978年10月，第六人民医院骨科医师于仲嘉和王琰等为一位修水库时炸去双手的农民进行首例足趾移植再造手获得成功，被国内外同行誉为“医学第一”。