1937年4月4日，中华医学会在上海召开第十二届大会，正式成立中华医学会儿科学会。1941年8月19日，鉴于中华医学会儿科学会的上海会员众多，决定发起组织上海分会。1942年4月14日在儿童医院召开上海分会（现称为上海市医学会儿科专科分会）成立大会，到会会员20人，推定陈琦、许世珣及苏祖斐三位医师为专职委员。1951年2月23日，中华医学会上海分会组织成立了“中华医学会上海分会及各专科学会上海分会联合委员会”，改变了以前各专科学会上海分会与上海分会各自为政毫不相干的模式。1979年5月5日召开复会后第一次委员会会议，经过讨论决定成立儿童保健、新生儿、小儿外科、心肾、呼吸、血液和肿瘤、传染病、遗传代谢和内分泌等8个专业组。1982年5月4日讨论成立小儿临床免疫组。2000年7月28日在瑞金医院召开上海市医学会儿科专科分会中青年学组成立大会。2012年区县学组和儿科临床药学学组成立。目前上海市医学会儿科专科分会已有新生儿、呼吸、消化、心血管、肾脏、血液肿瘤、神经、遗传代谢内分泌、免疫、感染、重症、儿童保健、发育儿科、临床药理等14个专业学组，以及区县协作组、青年委员会。
一、 主要学术活动及科普活动
1949年12月召开的上海儿科分会年会确定每年举行6次学术例会，由各大医院设有儿科者轮流承担，一般到会人数100～150名。初期学术活动以讲座和病例讨论为主。1988年，与台湾儿科学会合作，在上海举行第一届海峡两岸儿科学术会议。
为了加强区域间儿科学术交流与发展，2004年创办“江浙沪儿科学术会议”。江浙沪三地，地域相近，人缘相亲，经济相融，为学术活动的召开提供了得天独厚的条件。三省每年轮流举办一次，现在“江浙沪儿科学术会议”已经成为我国区域儿科学术交流的品牌会议。2012年10月在上海举办了“第三届粤港沪渝儿科学术会议”，四地知名儿科专家分享学术成果、交流学术经验。2013年6月，上海市医学会儿科专科分会举办了第一届上海市儿科青年医生英文论文演讲比赛，展现和提高上海儿科医生的专业英文水平，并促进儿科青年医生的全面发展。到2017年，已经连续举办了5届，充分展示了新世纪上海儿科青年骨干的卓越才华和自信风采。
随着医学国际化的发展，上海市医学会儿科专科分会为广大儿科工作者搭建了“东方儿科大会”，这是综合性的国际学术交流平台，也是上海市医学会东方系列品牌会议之一。2011年10月第一届东方儿科大会在上海召开，大会邀请了75位国际儿科专家，1450名来自全国28个省市自治区的儿科医生、护士以及关注儿童健康的专业人士参加了会议。2013年、2015年成功举办了第二届、第三届，东方儿科大会已经成为向全世界展现中国儿科学界风采和成就的舞台，成为中国儿科医师与国际儿科界学术交流的平台。
为推进科普工作的社会化、群众化和经常化，提高百姓医学文化素养，儿科专科分会各学组开展了群众喜闻乐见、多姿多彩的科普宣传活动。如“架起彩虹桥、科普下基层”、“百姓急救技能大培训”、世界癫痫日、世界肾脏病日、世界炎症性肠病日专病义诊、暑假健康大讲堂等。2015年儿科专科分会还出版了《健康中国行科学就医丛书-走出就医的误区》。
二、 医学成就
1948年12月30日，在儿童医院举行上海儿科分会执行委员会议，由会长富文寿医师提议，筹备出版《中华儿科杂志》。1950年，《中华儿科杂志》正式出版，由陈翠贞教授担任首届主编。
沈晓明教授一直从事儿童保健的研究和应用。他带领的团队最早在上海发现含铅汽油是造成诸多儿童铅中毒的原因，通过他的不懈努力，直至让国家发改委正式行文，在全国范围内明令禁止使用含铅汽油，从而使整个中国儿童铅中毒问题得以解决。他所研究并在全国推广实施的新生儿耳聋筛查及早期语言训练项目，使大多数耳聋患儿可以学会说话，实现了聋而不哑，并进入普通小学上学。他关于学龄儿童睡眠不足的研究，成为政府决策依据，直接指导了上海市小学校上课时间推后半小时，让儿童多睡半小时，研究证实了这一措施显著改善了学生白天在校表现，这一成果得到了教育部的肯定，并在全国推广。他在这三个领域的研究工作因为对儿科健康产生重大影响，也三次获得了国家科技进步奖二等奖。也正是基于他对儿童健康工作的突出贡献，他也成为中国唯一一名被提名为美国科学院外籍院士的儿科专家。
黄国英教授主持上海市公共卫生体系三年行动计划项目“新生儿先天性心脏病筛查、诊断与评估”获得重要突破，成果发表在《The Lancet》（影响因子45.217分），这是中国大陆地区儿科界首次在该国际顶尖学术刊物发表研究论著；新生儿先心病筛查成果已经转化为上海市公共卫生政策，全市86家助产医疗机构开展新生儿先心病普筛工作。
三、学会荣誉
荣获上海市医学会2005年～2009年度、2011年～2016年度优秀专科委员会，以及2003年～2004年度表扬专科委员会。