20世纪80年代，随着病原微生物分类的进一步细化，医学病毒学逐渐从医学微生物学中单独划分出来，形成一门独立的学科，并与同样从医学微生物学中划分出来的新兴的医学免疫学学科之间相互交叉渗透，在病毒性疾病的临床诊治中起到越来越重要的作用。因此，1987年，由第二军医大学杜平教授以及上海医科大学闻玉梅教授等病毒学领域的专家牵头，上海市医学会批准成立了医学病毒专科分会。
一、主要学术活动及科普活动
创始阶段，专科分会成立的最初10年，是老一辈创始者如闻玉梅院士、沈鼎宏、陆德源、杜平和张泳教授等著名专家开天辟地，为学科发展奠定基础的阶段。本阶段涌现了一批以戚中田、陆志檬、何丽芳、刘晶星、杨英珍、蒋伟伦和夏绍元教授等为代表的，长期从事医、教、研第一线的上海医学病毒学承上启下的奠基者。老一辈医学病毒学专家在此阶段编修了大量的医学微生物学和医学病毒学教材。
巩固发展阶段，自1998年起，专科分会成立的中间10年，是以戚中田、陆志檬、何丽芳、刘晶星、杨英珍、蒋伟伦、夏绍元等教授为代表的上海医学病毒学承上启下的第二代奠基者们的舞台。本阶段涌现了一批海外归国或国内培养的中青年专家，以袁正宏、瞿涤、潘卫、张欣欣、张继明、季月华教授等为代表，日以继夜奋斗在科研、临床诊断和治疗第一线，他们中有国家973计划、863计划、重大国家自然科研基金的首席科学家、有国家重点项目的主要负责人、还有感染性疾病诊疗的知名专家。本阶段医学病毒学学科飞速发展，专科分会国内外的交流也日益增多。自2002年起，每年召开一次“上海市病毒学年会”，后改称为“上海市医学会医学病毒学学术年会”；2006年还承办了“中日病毒学会议”。本阶段主编了在全国极具影响力的多本教材及参考书。
快速发展阶段，自2008年起，专科分会最近10年的发展突飞猛进。首先，委员单位从原来的单一的医学院实验室，扩展到中科院实验室、临床医院感染科与检验科、疾控中心、血液中心、生物制品所、农科院、动物疾病研究机构等。其次，以谢幼华、钟劲教授、戈宝学教授、周大鹏教授等为代表的一批海外归国科学家以及国内培养的优秀人才充实了病毒学会的人才队伍。目前专科分会除继续主办每年一次学术年会外，几乎每月都有一次以专家报告形式开展的学术交流活动，每季度都有一次较大规模的学术研讨会或病例讨论会。从2016开始，与北京病毒学会合作，在上海、北京两地轮流举办“京沪病毒学论坛”。此外，专科分会极为重视对青年学者的培养，连续举办“病毒性传染病：从基础到临床”国家级继续教育学习班。
专科分会历来重视科普工作。以知识讲座、社区服务等形式开展科普活动，宣传病毒性疾病的知识，做好疾病的预防和控制工作。自2008年起，每年举办一次病毒性疾病知识讲座及咨询活动。
此外，自2013年起，专科分会建立了医学病毒学专科分会网站并定期更新，使之既成为分会委员间学术交流的窗口，又是分会进行科普宣传的阵地，网站地址：http://bd.fumed.com.cn。
二、医学成就
2003年SARS在我国暴发流行时，面对突发传染病的严重威胁，专科分会有4位专家（闻玉梅、陆志檬、袁正宏、缪晓辉）入选上海市防病专家组，为SARS的控制发挥了积极作用。
2013年3月，袁正宏、胡芸文、戚中田、瞿涤、张曦等教授积极参加国家及上海市卫计委组织的应对H7N9流行和控制的各种活动，为控制疫情作出了巨大贡献。为此，以袁正宏、胡芸文等教授为代表的复旦大学研究团队，作为主要参与单位（单位排名第六），《以H7N9禽流感为代表的新发传染病防治体系重大创新和技术突破》项目荣获国家科学技术进步奖特等奖。2014年，第二军医大学P3实验室还承担了埃博拉疫情生物防护安全保卫备勤任务。
三、学会荣誉
荣获上海市医学会2015年度优秀专科委员会，以及2011年度、2013年～2014年度、2016年度表扬专科委员会。