为进一步推进上海市医学教育工作的深入开展，规范医学教育管理，1990年上海市医学会医学教育专科分会成立，第二军医大学校长卢乃禾少将任主任委员。
一、主要学术活动及科普活动
专科分会积极参与、组织各类学术活动。1990年11月，中华医学会医学教育分会在上海召开“全国医学教育学术会议”。1994年11月，全国高等医学教育学会首届第四次常务理事会会议在上海召开。2008年10月，上海台湾医科院校“标准化病人”工作研讨会在上海交通大学医学院召开。2009年10月，沪台医学教育研讨会在上海交通大学医学院召开。2012年8月，首届中华临床医学教育与模拟医学教学大会在上海交通大学医学院召开。2013年12月，上海市医学会医学教育专科分会学术年会在复旦大学召开。2014年11月，“中美临床教学教育与模拟医学论坛”在瑞金医院举行。2014年12月，上海市医学会医学教育专科分会学术年会在同济大学召开。2015年1月，第二届中华模拟医学会议、国家级实验教学示范中心临床/公卫学组会议在上海交通大学医学院举办。2015年12月，由上海市医学会医学教育专科分会与浙江省医学会医学教育分会联合举办的沪浙医学教育学术研讨会在浙江省台州市召开。2016年4月，上海市医学会医学教育专科分会年会在上海健康医学院召开。2016年10月，上海市医学会医学教育专科分会工作交流会在上海健康医学院召开。2016年12月，由上海市医学会医学教育专科分会与浙江省医学会医学教育分会联合举办的沪浙医学教育学术研讨会在浙江省杭州市召开。
从2004年开始，上海市医学会医学教育专科分会委托第二军医大学，承办分会的学术刊物《上海高等医学教育》杂志。
上海市医学会医学教育专科分会，充分利用六家医学院院校的优质医学教育资源，通过校园开放日、职业/科普体验日、中医药实践工作站、优秀中学生夏令营等进行科普日活动，岳阳医院中医养生节、上海市社区教室标准化建设项目——中医科普保健教室、上海中医药博物馆科技节系列活动、“灵丹妙药动手做”主题活动、“立足张江”中医药文化宣传活动、上海市“唯爱天使”杯医学科普征文大赛社区宣讲、红色青春新锋尚科普知识宣讲特色科普等特色科普活动，中医药实践工作站“中医药科普进课堂”、健康大讲堂等科普讲座，《中小学生中医药科普读物》、健康科普光盘、中医药光盘等出版物，中小学教师市级共享中医药科普课程、出版青少年中医药科普系列微课程——《健康的青春最飞扬》等课程，扩大上海市民对医学基本常识的了解，为推进上海健康事业贡献力量。
二、主要成就
1990年，上海医科大学顾学箕等的“预防医学专业教学理论联系实际，加强现场教学”获国家优秀教学成果奖特等奖。1990年，上海医科大学杨藻宸主编的《医用药理学》获国家教委全国优秀教材奖特等奖。1995年，上海医科大学成令忠主编的《组织学（第1、2版）》获国家优秀科技图书奖一等奖。1996年，上海医科大学徐俊冕主编的《医学心理学（第2版）》获第三届全国高等教育优秀教材奖一等奖。2003年，中国工程院院士、上海第二医科大学王振义获得首届“上海市教育功臣”称号。2008年，中国科学院院士、第二军医大学吴孟超获得第二届“上海市教育功臣”称号。2011年，上海交通大学医学院郭晓奎、上海中医药大学严世芸获得教育部第六届高等学校教学名师称号。2013年，中国工程院院士、复旦大学上海医学院汤钊猷获得第三届“上海市教育功臣”称号。2014年，复旦大学上海医学院汪玲领衔的《我国临床医学教育综合改革的探索和创新》获得第七届高等教育国家级教学成果奖特等奖。2014年，复旦大学上海医学院临床医学八年制王天同学以共同第一作者在《CELL》杂志上发表科研论文（影响因子为31.957），被评为2014年中国十大科技成果。
三、学会荣誉
荣获上海市医学会2004年度表扬专科委员会。