上海市医学会感染与化疗专科分会成立于1986年6月，是中国最早成立的感染病诊疗多学科分会。分会自成立以来，开展卓有成效的学术活动，促进各学科交流和发展，立足本地、辐射全国，为提高我国临床感染性疾病诊治及抗菌药物合理应用水平起了重要作用。
20世纪80年代，临床各科医师普遍缺乏临床微生物、临床药理学的基本知识，抗菌药物滥用情况严重，而当时相关的学术团体中，缺乏感染病及抗微生物化疗专业范围内的相关学术团体。在戴自英教授等感染病学界前辈的不断呼吁和上海市医学会领导的支持下，1986年初决定成立上海市医学会下属专科分会来承担这一任务，后经筹备组专家讨论，决定命名为“感染与化疗专科分会”。1986年6月19日感染与化疗专科分会正式成立，是全国首个及唯一的感染病诊疗多学科分会。感染与化疗专科分会至今已历经7届，历届专科委员会委员包括感染、呼吸、血液、肾病、普外、烧伤、重症医学、儿科各临床学科和临床微生物、临床药理学等学科专家。2015年成立首届青年委员会。
一、主要学术活动及科普活动
专科分会成立30余年来，自1995年起举办每两年一届的“全国感染性疾病与抗微生物化疗学术会议”，迄今已举办十一届。会议代表由第一届的208名增加到第十一届的1100余人。2009年起举办“中华医学会感染与抗微生物治疗论坛”，2011年起举办“上海国际临床微生物化疗会议”。上述三个大会由本专科分会与华山医院抗生素研究所、中华医学会和国际化疗学会、西太平洋化疗学会共同主办或承办，对促进多学科交流及发展、提高我国临床感染性疾病诊治及抗菌药物合理应用水平有着重要的影响。专科分会每年举办5～6次学术活动，由本市和国内、外专家就当前感染性疾病诊治的热点问题面向临床各科医师、微生物检验等专业人员举办专题讲座。自2002年起，每年举办1～2次疑难感染病例讨论。举办感染性疾病诊治和抗菌药物合理应用等主题的学习班十余期，培训上海乃至全国各省市的学员逾千人。
多次参加电台、电视台等单位组织的面向市民的抗菌药物合理应用科普宣教活动，反响热烈，使学会发挥更大的社会效益。
二、医学成就
专科分会多位委员参加了2004年10月卫生部、国家中医药管理局和总后卫生部联合发布的《抗菌药物临床应用指导原则》的编写，其中汪复、张婴元教授任编写专家组正、副组长，施耀国、王明贵、肖和平、吴菊芳、张永信、李光辉、杨帆教授等参加编写。2011年，制定了《甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌感染的治疗策略——专家共识》。同年制定了《念珠菌病诊断与治疗：专家共识》，为规范念珠菌病的诊断和合理抗真菌治疗提供了参照。2016年，专科分会多位委员参与编写了《广泛耐药革兰阴性菌感染抗菌治疗专家共识》，并在《Clinical Microbiology and Infection》(IF 5.78) 正式发表。
三、学会荣誉
荣获上海市医学会2003年度、2005年～2007年度、2013年度优秀专科委员会，以及2011年度表扬专科委员会。