1987年，中华医学会航空医学学会成立。1996年更名为中华医学会航空航天医学分会。从1987年至2013年，相继有吉林、北京、四川、湖北、云南、江苏和陕西等7个省（市）的中华医学会航空医学分会成立。
2008年、2011年、2013年在海军医学研究所、上海市民航医院的组织下，对飞行员特殊检查、飞行员身心健康领域进行航空医学学术讨论。2013年，由丁江舟、董晓梅、俞良钢、姚永杰、金亦民、徐尔理、孙学军等人筹备成立上海市医学会航空医学专科分会，向上海市医学会提出申请，与此同时开展与飞行员医学保障技术相关的学术活动，之后在沪上航空医学界开展多次航空医学学习座谈与经验交流会议。
经上海市医学会第35届理事会2014年常务理事扩大会议审议通过，批准成立上海市医学会航空医学专科分会，2015年4月25日经过选举产生第一届委员会，丁江舟研究员当选为主任委员。
一、主要学术活动及科普活动
2015年9月，上海市医学会航空医学专科分会成立大会暨航空医学学术交流会议在上海召开，学术交流主要内容是航空医学发展与前景展望。2015年12月，航空医学专科分会组织的航空飞行模拟机训练体验活动在上海东方航空模拟飞行训练基地举行，同时进行长航时医学问题座谈交流。
2016年3月，与北京民航总医院开展了学术交流活动，并对2012年至今民航40岁以上飞行员颅脑核磁普查情况分析，以及检查结果评判尺度和体检鉴定标准把握。2016年6月，航空医学应用与飞行员生理心理健康维护为主题的学术交流会议在上海召开，并与一线飞行员进行座谈与医学保障交流。2016年10月，海上飞行员医学保障与生理心理健康学术交流会在宁波召开。2016年12月，东方航空股份有限公司航空卫生管理部组织飞行人员EPA讲学堂活动在东方航空培训中心举办，并就飞行人员心理健康、航前身体状况监测和高危人群航卫保障重点等工作进行学术交流和探讨。
2015年至2017年，海军411医院空潜科对特殊环境下执行特殊任务的飞行员出现的心理问题，进行有针对性的心理咨询和心理疏导210人次。2017年3月，东方航空股份有限公司航空卫生管理部组织对上海飞行部所有飞行员进行主题为诚信有我，健康飞行的“民用航空卫生知识培训”，以使飞行员努力做到诚信守法，确保飞行安全。
二、医学成就
为解决空中急救和空中医疗，海军医学研究所航空医学研究室研制的机载医疗救护系统，2017年获得军队科技进步奖二等奖；同时对驻特殊区域、执行不同飞行任务的飞行人员航空医学保障进行了广泛调研，制定了飞行员特殊体格及选拔标准。
民航上海医院结合飞行实际严格执行飞行人员选拔标准，应用新技术、新方法为长期航空人员进行体格检查及飞行人员的选拔；完成了对华东地区民航飞行员、飞行学员以及空中交通管制员体检档案的负责统一管理，并对飞行人员个人信息、检查检验结果、体检鉴定结论设定数据模板，建立数据库，为今后对飞行人员体检大数据分析研究提供依据。此外，开展民航飞行员职业紧张状况课题研究，研究结果对航空公司在飞行员航线安排及心理疏导等方面工作具有实际的指导意义。
2016年7月，东方航空股份有限公司航空卫生管理部与民航局医学中心航研所共同开展《民航机组人员所受宇宙辐射计量研究》，测定固定航线辐射剂量，研究辐射对人体的影响，提出相应防护措施，研究成果应用于飞行人员群体，以保障飞行安全和飞行人员身体健康。
2016年10月，首次报道了华东地区飞行员耳硬化症病例，一方面对航空安全的保障有切实意义，一方面对手术治疗后是否可以特许飞行指出研究方向。2014年11月至2016年10月,在上海地区开展民航飞行员变应性鼻炎患病率调查。
航空港医学学科的进步促进着航空医学的快速发展；机场检验检疫局成立机场局综合实验室，并首次在口岸监测捕获的大头金蝇中分离检测出γ-变形菌新菌、丙型肝炎和戊型肝炎病毒。2013年3月1日在浦东机场全面开展普货“申报前检疫”工作，消除了空运货物入境检疫盲点，实现了入境检疫全覆盖，实现了入境卫生检疫的新突破。2014年8月至2016年1月,机场检验检疫局严防埃博拉出血热疫情，机场局旅检处因此被国家卫生计生委、国家人力资源社会保障部等七部委授予“埃博拉出血热疫情防控先进集体荣誉称号”。
2016年9月1日“航空器卫生检疫监管系统”上线试运行，探索航空器检疫通关无纸化，有效提升了航空器检疫的科学性、便利性。机场检验检疫局积极推进口岸核心能力建设，2016年11月浦东机场顺利通过口岸核心能力卫生检疫复核督导检查。2016年5月30日在来自印度的航班上检出了上海口岸首例输入性霍乱弧菌O139混合大肠杆菌O157感染病例，9月2日在来自印度的航班检出了上海口岸第二例输入性基孔肯雅热病例。2017年1月对来自阿联酋的一名入境人员检测时发现其携带Ekpoma弹状病毒，这是中国首次发现。2017年2月20日在来自韩国的航班上检出了霍乱病例，为上海空港口岸第二次检出输入性霍乱病例。