1951年1月，成立“中华医学会结核病科学会上海分会”。文化大革命期间学会活动停止。1979年恢复活动，更名为“结核与呼吸系病专科学会”， 并设有结核病学组。2008年10月，时任中华医学会结核病学分会主任委员肖和平教授在全国结核病年会上提出了上海市应该尽快成立结核病学专科分会的建议。在上海市医学会领导关心支持下，经过多年筹备策划，2012年1月，经上海市医学会第34届理事会第五次全体理事会议审议通过，同意组建上海市医学会结核病学专科分会。2012年8月30日，在上海市医学会选举产生了结核病学专科分会第一届委员会，肖和平教授任主任委员。
一、主要学术活动及科普活动
分会成立以来，每年主办“上海3•24结核病论坛”、“上海市医学会结核病学专科分会年会”、“全国结核病诊断与治疗新进展学习班”，2015年起主办“上海市非结核分枝杆菌病诊断和治疗进展学习班”、“结核病东方论坛”等多个国家级学习班。2015年，肖和平教授担任第四届全球结核免疫大会中方大会主席，通过这些平台，促进结核前沿学科的探索，开阔研究视野，多角度挖掘结核病防治的新思路。
分会在加强学术建设、扩大学术影响力同时，不忘加强科学普及，提升公众防痨意识，增强社会服务能力，每年“3.24世界结核病防治日”期间，分会都组织专家参与电视、电台节目，在健康大讲堂等颇具影响力的科普节目里宣传结核病防治知识；组织撰写科普文章发表于解放日报、大众卫生报等，以群众喜闻乐见的方式，深入浅出的普及医学知识，提高全民结核知识知晓率，惠及大众。并多次组织义诊，送医入街道、大学。2016年创建“上海结核科普”微信公众号，分会专家撰写的科普文章受到广泛好评。2017年，与上海教育电视台联合制作纪录片《撒向人间都是爱》，资料翔实，制作精良，受到了业内一致好评。
二、医学成就
联合上海市疾病预防控制中心，共同呼吁政府重视耐药肺结核患者的诊治，予以政策支持。在市领导支持下，上海率先在全国推出了耐多药肺结核减免政策，2014～2016年为465例耐多药结核病病人减免费用，每年市区二级财政补贴近400万元，减免治疗覆盖率达100%，切实做到全覆盖，被称为实实在在的惠民政策。结果显示，上海市诊治的耐多药肺结核病患者满2年疗程治疗成功率达50%以上，与国际平均水平相当，提前2年达到了国务院《全国结核病防治规划（2011-2015年）》提出的相关防治目标，在国内居领先地位。
负责起草的《非结核分枝杆菌病诊治指南》、《耐多药结核病化学治疗的意见》和《耐药结核病化学治疗指南》等指南，指导全国结核病领域的医务人员的日常工作，对我国结核病规范化的治疗产生了深远的影响，部分成果被纳入WHO最新版《耐药结核病化学治疗指南》中。