2004年6月21日，在上海市医学会的主持下，选举产生了上海市医学会临床医学工程专科分会第一届委员会，葛毅任主任委员。同年9月2日召开了上海市医学会临床医学工程专科分会成立大会。第一届主任、第二届主任委员张力方、第三届主任委员李斌、第四届主任委员钱建国。现设八个专业学组：设备管理学组、影像技术学组、急救装备学组、耗材管理学组、血透技术学组、医疗器械资产管理技术学组、医疗器械维修技术学组。上海市医学会临床医学工程分会自成立以来，在学术交流、继续教育及培训、维修技能竞赛及科研等多方面开展系列学会工作，在推动专业学组发展和学术交流上基础上，不断推动本专业在管理和技术方面创新拓展。
一、主要学术活动及科普活动
自2005年起，每年举办上海市医学会临床医学工程分会学术年会，截止到2016年底已经举办十一届。自2005年起每年举办临床医学工程继续教育项目学习班，本市80余家医院设备管理和工程技术代表参加继续教育培训项目，就医疗设备新技术进展及医用耗材发展与管理进行充分和深入的交流。八个学组每年根据各自技术特色开展丰富多彩的学组学术活动，搭建学术交流新平台，探索临床医学工程学术交流新模式。每年在主委或副主委的带领下组团参与兄弟省市的各类学术活动，也邀请其他省市兄弟学会来沪参加年会，互相学习先进经验和管理理念，促进长三角地区学术发展。组织上海市医学会临床医学工程专科委员积极参加中华医学会医学工程学分会、中国医师协会临床工程师分会、中国生物医学工程学会临床医学工程分会各类学术年会。2013年起连续4年参与“上海生物医学工程发展论坛”，探讨医疗设备新技术进展及医用耗材发展与管理等议题。2005、2007、2008和2015年参与中国（上海）国际医疗设备应用安全及质量管理论坛。2010年承办了中华医学会医学工程年会。2017年参与全国首届第三方售后服务创新论坛。2012年至2016年，连续5年与江苏、浙江、安徽等地的医学工程分会联合举办青年医工技能培训和比赛，提高各地区工程人员的整体技术水平和设备保障能力。
2009年9月，为了配合汶川地震灾后重建工作，对口派遣4名设备管理专家赴都江堰，为当地医院设备人员进行设备的管理与操作培训。 2011年10月，组织了对口交流专家代表团，远赴云南进行两地对口交流和扶贫工作。2016年5月，由临床医学工程分会及医疗设备管理学组共同组织了上海专家代表团深入革命老区江西省吉安市，在东方医院吉安医院成功举办沪赣医学装备管理研讨会。
二、医学成就
王成主编了《医疗仪器原理》及《医疗设备原理与应用》、郑嘉岗主编了《消化内镜工程技术与临床应用》、李斌主编了 《医疗器械前沿技术》等专著。
李斌和姜瑞瑶分别以第一负责人获得科技部国家重点研发计划试点项目 “磁共振工程性能评价的研究”和“立体定向治疗仪的服务体系的评价”。陈爽委员获得2016年国家自然科学基面上项目一项，研究开发一种软骨靶向造影剂。2011年，临床医学工程专科分会牵头五家医院专家共同申报中国医院协会奖项，“医疗设备售后服务监管的策略研究”项目获得中国医院协会2011 年度“医院科技创新奖三等奖”。
三、学会荣誉
荣获上海市医学会2005年度、2009年度优秀专科委员会，以及2008年度、2011年～2013年度表扬专科委员会。