1948 年，由上海医学院谷镜汧教授和同济大学医学院杨祖述教授等发起组织了上海地区病理学座谈会，规定每两个月开座谈会一次，解放后座谈会改为每个月一次，这是病理学分会的前身。1951 年改名为中华医学会病理学会上海分会（现称为上海市医学会病理专科分会）。1979 年4 月25 日召开复会后第一次委员会会议，讨论了组织分工和学术活动等事宜，决定成立临床病理、实验病理、病理技术等三个组。
一、主要学术活动、继续医学教育等
自从病理专科分会成立以来，定期举行学术活动。1948 年12 月，在凤阳路中美医院内国立同济大学医学院病例学馆举行学术演讲会。1949 年7 月，在圣约翰大学医学院病理教研室举行例会并作学术讲座。1953 年11 月，在上海第一医学院病理科举行学术讨论会及年会。1980 年11 月召开上海市医学会病理科学会年会。1984 年召开“偏光显微镜在病理诊断上的应用”临床经验总结和推广科研成果报告会。1985 年12 月召开中华医学会上海分会病理学会年会。1992 年 “上海疑难病理会诊中心”在上海纺织局第二医院挂牌成立。1996 年上海市肿瘤病理研究会成立。2002 年11 月，由上海市医学会病理专科分会、上海市病理质控中心和肿瘤医院病理科联合主办 “2002 年病理学术年会”。2006 年3 月，“第三届国际和部分省市临床—神经病理读片学术交流会议暨部分省市临床神经病理读片交流学术会” 在华山医院举行。2010 年10 月，由肿瘤医院承办的中国病理主任联会第八届会议暨病理学研讨会在上海举行。2012 年上海市医学会病理专科分会年会于浙江省乌镇成功召开。2015 年11 月， 由上海市医学会病理专科分会举办的“2015 年上海市医学会病理学术年会”在上海召开。2016 年12 月上海市医学会病理学术年会在复旦大学医学院明道楼召开。
专科分会历来非常重视病理技术水平的提高， 积极参与国内各种学术活动。1983 年学术活动着重交流病理技术及新技术，包括常规HE 染色质量的提高，显微摄像、涂片以及免疫病理技术等。1986 年9 月细胞学组举行痰涂片制作技术座谈会。1988 年8 月第四届全国免疫病理学术会议在哈尔滨召开。2003 年12 月，在浙江省湖州市召开市病理技术年会，会议就常规病理、免疫病理和分子病理技术进行了交流。2005 年11 月在苏州召开了上海市病理技术年会。2007 年11 月上海市病理技术和病理质量控制年在浙江省绍兴市召开。2010 年9 月在湖南省召开中华医学会病理学分会学术年会。2011 年10 月，中华医学会病理学分会第十七次学术会议暨首届中国病理学年会在杭州召开。2013 年第十四届全国诊断病理暨泌尿生殖系统疾病病理学术研讨会在南昌召开。2014 年6 月在江苏省扬州市召开第12 届全国细胞病理学会会议暨细胞病理学读片会。2016 年12 月福建——上海神经病理学术联谊暨第4 季上海市神经病理读片会在福州隆重举办。
专科分会也积极开展各种形式继续教育。在上海医学院、上海第二医学院、第二军医大学等病理解剖教研室及肿瘤医院病理科的积极支持下， 于1982 年举办了恶性淋巴瘤病理学习班。翌年淋巴瘤病例协作组举办了T 细胞淋巴瘤统一分类标准及读片会。1983 年上海市医学会与上海第二医学院病理解剖教研室举办了“胃癌病理组织化学技术学习班”。1985 年举办了“胃癌黏膜染色技术”、“胃癌病理规范化”学习班。1986 年细胞学组举办了“痰和胸腹水脱落细胞”的专题短期进修班。2010 年在成都举行了3 次全国细胞学继续教育学习班和全国细胞病理学术会议。2011 年8 月在长春召开了全国细胞病理会议并举办了细胞病理学继续教育学习班。2013 年8 月在肺科医院举行了第六届肺和纵隔病理鉴别诊断及新进展学习班。2014 年6 月举办国家级继续教育“病理科建设与管理”学习班。2014 年8 月，由中华医学会病理学分会儿科病理学组和上海市医学会病理专科分会共同主办、儿科医院和Childrens`Hospital Los Angeles 共同承办的2014 国际儿童肿瘤病理高峰论坛暨全国儿科病理进展继续教育学习班在儿科医院成功召开。2015 年10 月，由中国抗癌协会、上海市抗癌协会肿瘤病理专业委员会、上海临床病理质量控制中心主办、肿瘤医院承办的《乳腺肿瘤病理诊断新进展学习班》国家级继续医学教育项目在肿瘤医院举办。
二、纪念活动
1986 年11 月，举行前中华医学会病理分会副主任委员、上海市医学会病理分会主任委员、上海医科大学创始人之一、我 国著名病理学先驱谷镜汧教授九十华诞纪念会。在2002 年11 月召开的 “2002 年病理学术年会”上，同时纪念著名病理学家顾绥岳教授90 周年华诞。2015 年11 月， 中华医学会病理学分会第二十一次学术会议暨第五届中国病理年会在云南省昆明市召开，正值中华医学会诞辰100 周年和病理学分会60 周年之际， 大会举行特别仪式对老一辈中国病理学家表示崇高的敬意。
三、学会荣誉
荣获上海市医学会2012 年度优秀专科委员会，以及2003 年～ 2004 年度表扬专科委员会。