1937年，中华医学会内科学会在上海成立。1950年10月27日，前上海内科学会在慈溪路中华医学会上海分会会所开会，钱悳医师传达中华医学会内科学会复会经过，修改会章及改选职员并一致通过将“上海内科学会”改组为 “中华内科学会上海分会”（现称为“上海市医学会内科专科分会”）。1958年8月，成立“血液病研究小组”。1979年4月，决定成立传染病、寄生虫病、消化、血液、内分泌、肾脏等六个专题组。1980年11月召开年会期间，正式成立了消化系病、血液学、内分泌、肾脏病、传染病与寄生虫病专科分会。
一、主要学术及科普活动
50年代，学术气氛非常浓厚，定期举办各种学术活动。1949年8月，在华山路肺病中心诊所举行年会，吴绍青医师演讲“结核病防治之近代趋势”。1950年4月，在中美医院举行季会，张国治医师演讲“肝硬化与脂肪代谢”，薛邦祺、陈悦书医师演讲“具同族和自身凝血素的溶血性贫血的病例报告”。1951年2月，在中美医院举行学术会议，钱慕韩医师主讲“肺结核之肺不张”，张国治医师主讲“血色病”。1952年6月，在上海医学院内科学院举行季会，由钟学礼、陈灏珠医师主讲“原发性肝癌”，报告临床观察原发性肝癌63例之分析。1955年3月，自从青霉素被应用到临床以来，由于疗效迅速、适应症广泛且任何药房无需处方都可购得，所以被普遍使用，但其引起过敏反应逐渐增加，而且死亡病例也不少，所以特此举行了一次大规模的题为“青霉素过敏反应及其预防与治疗”的学术讲演会，到会人数近1200人。1964年3月，在上海召开了全国血吸虫病科学研究工作会议，本次会议共收到论文322篇。
1979年后分会开展了一系列高质量的年会和专题学术活动。1980年5月19日起举办“小肠疾病”专题讲座，内容有小肠解剖、生理功能、吸收不良综合征等5讲。同年11月召开年会，共收到论文360余篇，经评选出138篇，参加年会约有5000人次。2008年5月，举办了“胰岛、心脏、肝脏代谢共同损伤”学术活动。同年7月，召开“自身免疫反应与内科、内分泌系统疾病的关系”学术讲座。同年9月，与新华医院、《中国实用内科杂志》编辑部联合承办了第二届全国内科疾病临床诊治研讨会（2008中国内科医师论坛），来自内科不同专业的11位著名专家作了精彩的报告，会议报告内容丰富，学术思想前沿，参会代表反映热烈。2013年7月，在上海国际会议中心举办了年会，本次年会共包含了心内、呼吸、消化、感染、内分泌和肾脏6个专场，共计16个报告和3个病例讨论，共有495名代表、31位专家等参加了学术交流，是一次高水平，高质量的学术会议。2015年11月，与中华医学会、中华医学会内科学分会、上海市医学会共同主办了“中华医学会第十五次全国内科学学术会议暨2015上海市医学会内科学学术年会”，会议主要由贾伟平教授和梅长林教授共同发起，本次大会采取大会报告、论坛专题报告、优秀论文交流和疑难病例讨论等多种形式进行，内容涉及呼吸、心血管、消化、血液、内分泌、肾脏和风湿免疫和感染性疾病等多个学科。2016年7月，在上海光大会展中心召开第二届东方代谢病大会暨2016上海市医学会内科学年会，会议邀请了上海内科学界著名专家学者以及来自国际知名教授进行专题讲座，同时针对临床内科与代谢常见疾病的最新进展及热点话题进行深入探讨。
专科分会也积极开展继续医学教育工作。1953年6月，与市卫生工作者协会联合举办“内科高级进修讲座”，报名学习者达2100余人。1979年9月，举办第二期胃镜学习班，参加学员有医师和护士共160余人，协助有关单位培训胃镜检查医技人员。2000年6月，举办了“内科学进展及临床药物合理应用提高班”及“全国内科临床与基础新进展高级学习班”。2014年，开展了国家级继续医学教育项目《内科学临床与实践进展》，授课对象以基层内科医生和基地培训的住院医生为主，利用专题讲座、病例讨论、临床实践等方式，重点对于这些疾病近年来国内外诊疗方法的进展作一介绍。同时由贾伟平、梅长林、葛均波、周新、袁耀宗等教授领衔的内科学分会各位委员每年主办各种专业学术会议和继续教育学习班10余场，吸引国内外学员逾万人，陆颖理教授举办少见内科疾病（如性发育异常）诊治进展的国际大会，大大推动了内科学各专业的发展，也为国内各基层医生提供了良好的继续学习机会。
分会也积极承担政府及总会委托的任务。1956年10月，组织会员协助《中华医学杂志》进行关于“医学文摘”的编译工作。同年协助上海市卫生局举办各种防疫保健站以及各门诊所医务工作人员的业务培训班及上海市中医学会所举办的中医师进修班。2014年7月，配合中华医学会，在各委员单位中开展《学会专科会员摸底登记工作》，该项工作对进一步了解我国内科领域事业发展现状，摸清内科专业从业医师的数量、结构和分布具有重要的意义。
二、医学成就
林兆耆教授组织和主编的大型参考书《实用内科学》1952年出版，是国内第一本大型内科学参考书；他主编的《内科学》(1964)是国内第一本高等医学院校教科书。邝安堃教授是世界上最先发现异烟肼引起男性乳房增大的学者之一；是我国最早发现系统性红斑狼疮症（SLE）的医师之一；他和同事们诊断并治愈了国内第一例原发性醛固酮增多症；他还是国内最早诊断血紫质病的医师之一，他以独到的见解和科学手段进行中西医结合的研究，先后发表了《用现代医学方法研究中医阴阳学说的初步结果》《中医虚证理论的初步研究》及《性激素在男性冠心病、高血压、糖尿病等疾病中的变化和中医虚证（肾虚）的联系，以及应用不同的中医治疗方法的效果》等论文，为医学界所瞩目。戴自英教授1957年参加邱财康（大面积烧伤）的抢救，获卫生部个人三等奖；“头孢硫脒研究”获卫生部1980年重大研究成果甲级奖。王振义院士开创了白血病和肿瘤的诱导分化疗法，在国际上首创用国产全反式维甲酸治疗急性早幼粒细胞白血病。姚光弼教授首次将治疗乙型肝炎的核苷（酸）类似物——拉米夫定带入中国，也首次将规范的新药临床试验带入中国肝病领域，是我国肝脏病学和临床免疫学的主要奠基者之一。陈灏珠院士率先作冠状动脉造影和腔内超声检查；率先用电起搏和电复律治疗快速心律失常达国际先进；率先用活血化瘀法治疗冠心病并阐明其原理；在国内外首先应用超大剂量异丙肾上腺素救治奎尼丁引起的致命性快速室性心律失常成功，对我国心血管病介入性诊断和治疗技术的发展起了推动作用。葛均波院士在国际上首次发现心肌桥特异性超声影像学诊断指标“半月现象”和“指尖现象”；主持研制了我国首例可降解涂层新型冠脉支架；作为首位国内学者在美国TCT会议上首创“逆行钢丝对吻技术”；成功实施国内首例经皮主动脉瓣置入术、经皮二尖瓣修复术及经皮肺动脉成形术。
内科分会各主任委员、委员均由各学科有突出贡献的医学家担任，作风严谨，务实创新，为推动上海乃至全国医学发展做出了巨大贡献。2009年，戚文航教授带领，陆颖理教授的协助下，分会起草了上海第一本住院医师规范化培训细则，在梅长林教授的进一步修订完善后，2010年4月《上海市住院医师规范化培训标准细则》（内科类）正式出版。2014年7月，分会协助上海市卫计委和医学会进行医疗服务项目和价格的修订。根据全国和上海市医疗机构医疗服务项目和价格规范，对现行的上海市医疗机构医疗服务项目和价格进行修订，周新教授具体负责了本项工作。
三、学会荣誉
荣获上海市医学会2008年度表扬专科委员会。