1985年前，普外科专科分会尚未成立，当时为设置在大外科下的一个学组，除参与大外科的学术活动外，也常以学组的形式开展，到1985年专科分会成立，开始单独开展学术活动。
一、主要学术活动、继续医学教育等
从20世纪80年代后期起，定期召开的中日消化外科学术交流会议是专科分会学术活动的一大亮点。1988年3月，由中华医学会上海分会主办的第一届中日消化外科学术交流会在上海召开，共403名代表出席了会议，会议特别成立了由中、日双方专家组成的“组织委员会”，并采用电影交流与学术报告相结合的形式，使双方医务人员都留下了深刻的印象，提高了学术交流的效果。1989年7月，第二届日中消化外科学术交流会议在日本召开，中华医学会上海分会派代表团赴日参加了会议。以后每1～2年分别在中国或日本轮流举办。1993年6月，第五届中日消化道外科会议在天津召开。1999年2月，以东方肝胆外科医院吴孟超院长为团长的中华医学会上海分会外科代表团一行19人赴日本参加了第十届中日消化道外科学术交流会议，同时出席了日本第53届消化器科外科学会。2002年6月，由上海市医学会、大连医科大学附属第一医院与日本东京医科大学共同主办的第十三届中日消化道外科学术交流会在大连召开，中方代表100余名，日方代表56名，中日双方就食道、胃肠、肝胆、胰腺等领域共发表了35篇高水平的论文，并进行了热烈的讨论。第十五届会议于2004年在日本召开。2006年上海普外科年会暨第十六届中日消化道外科学术会议在上海举行，主任委员、瑞金医院院长李宏为教授致开幕词并做专题发言。大会议题涉及肝脏、门脉高压、胃肠、肝移植、胰腺、微创等专题，共有近70多位中日专家作专题发言，内容精彩、反响强烈。通过以上会议的召开，加深了中日两国的合作与交流，促进了学术发展。另外2001年，承办了第13届全国外科年会。
普外科专科分会自成立以来，每年召开上海市医学会普外科专科分会年会。从第七届委员会开始，普外科分会设立学组，分别成立微创、胃肠、疝、甲状腺、结直肠、胰腺、肝脏、乳腺学组；按区域成立区县学组，另外成立了青年学组，有效地推动了上海专业学组的发展，带动了区域专科的协作。每个学组定期开展学术活动，丰富了普外科专科分会的活动内容。
自2011年开始，普外科专科分会还积极参与了东方消化病大会的工作，作为联合主办的专科分会之一，在每一届东方消化病大会上，都组织2～3个分论坛的工作。2016年作为主办方之一，召开了第一届东方外科大会。
1993年2月，举办高级肛肠造口外科新技术培训班，邀请美国著名造口专家、日本肿瘤防治专家及第二军医大学、上海医科大学、上海第二医科大学著名专家主讲。1993年12月，由《医师进修杂志》编辑部和长海医院普外科联合主办的首届全国腹腔镜学术研讨会在上海召开，来自全国各地的127位代表参加。
二、医学成就
1963年2月，长海医院肝外科研究组吴孟超教授等施行的中肝叶切除术获得成功。1977年10月，瑞金医院外科董方中、林言箴教授等施行国内首例同种原位肝移植手术获得成功，患者存活54天，获卫生部1979年科技进步奖一等奖。
三、学会荣誉
荣获上海市医学会2005年～2007年度、2010年～2011年度优秀专科委员会，以及2008年～2009年度、2013年度表扬专科委员会。