20世纪80年代以前，上海多数医院尚未成立消化专科，故以消化专业学组的形式开展活动，当时活跃在该领域中有着一大批知名专家，如林兆耆、江绍基、朱无难、唐振铎、徐家裕、陆汉民、巫协宁、张国治、姚光弼、王赞舜和萧树东教授等。随着1980年中华医学会消化病学分会成立，1981年上海市医学会成立了消化系病专科分会，江绍基教授担任首任主任委员。
一、主要学术活动及科普活动
自20世纪80年代起，消化系病专科分会即开始举办各种形式的学术活动，如1982年5月逆行胰胆管造影学习班，同年6月消化系病学习班和消化内窥镜学习班，1983年4月国外胃镜进展报告，1984年9月慢性活动性肝炎专题讨论会，1985年5月慢性腹泻专题讨论会，同年12月中日胃癌早期诊断学术交流会等。
近20年来，学术会议规模愈来愈大，影响力越来越大，分会专家积极参与举办各类学术活动。2001年11月，第二届“中国消化系疾病学术周”在上海成功举行。2003年12月，全国胰腺疾病学术大会在上海隆重举行。2004年，第四届亚太消化疾病周会议（APDW）在北京召开，大会主席由萧树东教授担任。2012年9月，中国消化病学术大会在上海世博中心召开。2013年9月，全球消化界的“奥林匹克”盛会——第十五届世界胃肠病大会（WCOG）在上海成功举办，这是世界胃肠病大会首次在中国举办。2016年5月，第十三届华东地区消化病学术大会在上海国际会议中心召开。
近年来，专科分会坚持每年举办学术年会及多种形式的学组活动。自2011年起，还牵头组织举办东方消化病大会，与普外科、消化内镜、肝病、感染病等多个专科分会联合主办，每2年举办一届，至今已成功举办四届，成为上海市医学会东方品牌系列会议之一。这是多学科联合诊治交流的一次新尝试，也是深入探索基础与临床结合，加速消化疾病转化医学进程的一次新实践，体现了上海消化病专业学术发展水平，在业内具有广泛影响和良好声誉。
此外，专科分会还积极组织和参加各种形式的科普活动，组织编写数十部科普著作，参加“名医大讲堂”等健康宣教，在“世界肝炎日”、“世界炎症性肠病日”、“世界护胃日”和全国“无幽日”等开展一系列科普宣教、大型义诊、社区宣讲等公益活动。
二、医学成就
早在1982年，我会内镜协作组就在《Gut》发表了论著。近年来，上海消化界在国外著名杂志发表的论文日渐增多，尤其是在消化专业的顶级杂志发表了较多高质量论文，合计影响因子10以上的论文67篇，其中《Gastroenterology》10篇，《Hepatology》14篇，《Gut》15篇，《Journal of Hepatology》9篇，《American Journal of Gastroenterology》7篇。近30多年来，上海消化界硕果累累，获得国家科技进步奖等一系列重大奖项，其中国家科技进步奖二等奖9项，上海市科技进步奖一等奖7项，中华医学科技奖一等奖1项。
1959年，由江绍基、姚光弼、巫协宁、杨永彰和潘瑞彭教授主编出版了国内消化界第一部《临床肝脏病学》。1981年，由江绍基教授任主编，陆汉民、徐家裕教授任副主编，组织撰写了国内第一部《临床胃肠病学》。1982年，由周岱云、李石和许国铭教授主编出版了《上消化道纤维内窥镜临床应用》，是国内最早介绍上消化道内镜检查和治疗的专著之一。近10余年来，上海各大医院又相继出版了近100本消化疾病专著，在国内均具有较大影响力。
三、学会荣誉
荣获上海市医学会2004年度、2006年度、2010年～2011年度、2013年度、2015年～2016年度优秀专科委员会，以及2003年度、2005年度、2009年度表扬专科委员会。