20世纪80年代，随着科学学和科学技术管理学的引进，卫生部多次组织现代科学管理理论的学习、传播、实践和探索活动，为我国医学科研管理学的诞生奠定了理论基础、实践基础和组织基础。1987年4月，由时任卫生部陈敏章部长等人倡议，经中华医学会批准，成立了中华医学会医学科研管理学分会。分会的成立标志着医学科研管理作为一门学科被学术界承认，也标志着我国的医学科研管理进入了由单纯行政和经验管理向现代化、科学化管理过渡的新的历史阶段。此后，上海市卫计委组织多期培训班，建立了一支理论与实践相结合的医学科研管理学骨干队伍，于1988年4月16日，上海市医学会医学科研管理专科分会正式成立，刘永良教授任主任委员。并于2011年5月20日和6月20日，分别成立上海市医学会医学科研管理专科分会青年学组和区县学组。
一、主要学术会议及科普活动
1991年，邀请美国国立卫生研究院林其乐博士来沪举办“美国科研基金实施现状及美国的科研管理”学术讲座。1995年11月，中华医学会科研管理学会中青年学组在上海召开成立大会暨第一次学术年会。1999年12月，召开“上海区县医学科研管理首届研讨会”。2004年6月，举办“2004年全国医院院长知识更新研讨会”。2009年10月，与上海交通大学医学院、中山大学医学部、北京大学医学院等国内著名医学院校联合举办“2009年上海市医学科研管理专科学术年会和第三届中国现代医学研究方法——学科交叉创新研讨会”。2011年11月，由中华医学会医学科研管理学分会主办，上海市医学会医学科研管理专科分会承办“科研管理与转化医学学术研讨会暨2011上海市医学会医学科研管理学术年会”。2015年9月，召开“2015年上海市医学会医学科研管理专科分会青年学组学术会议”，会议主题为“科研诚信体系建设”。2015年10月，召开“2015年上海市医学会医学科研管理专科分会区县协作组学术研讨会”，会议以“上海区域医疗学科人才建设实践和探索”为主题，讨论上海顺应全球健康与医学发展大趋势，建设世界有影响力的创新中心，并从上海卫生发展总体考虑，提出“学科—人才—项目—成果四位一体联动发展”的上海模式。2016年9月，召开“2016年医学科技成果转化管理与发展论坛”，强调各卫生系统单位要充分认识知识产权工作的重要性，建立和完善知识产权管理体系，依法将知识产权工作纳入医疗、卫生科技工作的全过程管理。2016年12月，召开“上海市医学会医学科研管理专科分会区县协作组学术研讨会”，会议强化科技创新以市场需求和应用为导向，构建与时俱进的科技管理运行机制，激励知识创造和技术创新的突破，促进科技成果的快速转移转化等。2013年起，先后举办四期“上海市卫生系统知识产权管理培训班”，进一步提升卫生从业人员、科研工作者对知识产权和专利重要性的认识，增进对知识产权制度、标准、要求的理解，强化知识产权的保护和转化意识，努力推动医学科研与临床的协同创新。2012年6月，联合中国工程院、中国医学科学院(CAMS)\美国国立卫生研究院(NIH)临床研究中心、全球医生组织(GlobalMD)，共同主办“2012年中美临床和转化医学国际论坛”，会议旨在吸纳国际转化医学研究和管理经验, 提供国内转化医学交流的平台, 更好地根据自身的科研资源, 开展转化医学的国际交流与合作。2013年至今，与美国国立卫生研究院、英国国家卫生和临床医疗研究院、以色列卫生部、台湾卫生署、加拿大渥太华医学院等机构单位开展合作，互派专家学者进行考察交流活动，分享经验。同时积极与兄弟省市学会开展学术交流，尤其是与西部贫困地区开展合作，如沪滇、沪疆、沪青、沪黔合作等，并多次组织专家赴贫困地区指导工作。
1991年，首届上海市科技节期间，分会积极依靠广大会员的力量，办好上海市医学科技成果展览会，布置医学科技画廊，组织重大科研成果获奖专家的咨询服务。2015年5月，结合庆祝第15个世界知识产权日，组织开展主题为“建设知识产权强国，支撑创新驱动发展”的2015年上海卫生系统知识产权宣传周活动。2015年，在上海市多所三级医院开展“唯爱伴我行，上海市住院医师科普月月讲”系列活动，组织住院医师开展针对普通百姓的科普讲座。2015年6月，组织上海市卫生系统、复旦大学、上海市疾病预防控制中心、上海市健康教育所、浙江大学医学院、美国MD安德森肿瘤中心等单位多名知名专家参加第24届解放健康讲坛。2016年，组织数十位全市卫生系统专家参加“科学抗癌，关爱生命，大肠癌防治，我们在行动”12320健康促进志愿者防治大肠癌宣传活动。2015年，组织出版《求医问诊本本通》科普丛书；2016年，组织出版《科学就医合理用药》《漫画糖尿病》科普专著。
二、主要成就
2010年，组织专家研究制定了《上海医学科技发展“十二五”规划》。2012年3月22日，配合上海市政府建立了上海医药卫生技术转移服务平台www.shmttc.org，进一步发挥上海卫生系统医疗科技资源优势，增强产学研用创新合力，促进医药卫生科技项目的转化和推广。
三、学会荣誉
荣获上海市医学会2007年度、2010年度、2012年～2013年度、2015年度表扬专科委员会。