上海的耳鼻咽喉科学起始于二十世纪初。1937年，中华医学会第十二次大会在上海召开，会上成立了中华医学会耳鼻喉科学会，我会胡懋廉当选为秘书。1949年前，中华医学会上海分会尚无专科学会组织，但不定期的专科学术活动早已开始。1951年2月，中华医学会上海分会耳鼻喉科学会（现称为上海市医学会耳鼻喉科专科分会）成立。随着耳鼻喉科学的不断发展，2013年4月，在原有头颈、鼻科、咽喉、急诊创伤、耳科学组的基础上，独立设立小儿、听力、嗓音学组。2014年4月更名为耳鼻咽喉头颈外科专科分会。
一、主要学术活动
50～60年代学会活动已很频繁，在当时学术水平还不是很发达的情况下，会员们常常轮流在各大医院举办学术活动，针对一些常见病及疑难病病例展开讨论。如1952年3月由凤阳路同济医院报告“中耳原发性癌”。 1954年10月，在上海第一医学院耳鼻喉科学院由王鹏万医师主讲了上颌窦根治术的意见。1960年3月，在凤阳路同济医院李宝实教授主讲了“鼻咽部的新检查法”，分析各种鼻咽镜的优缺点，并提出革新建议，还展出了一套新制的电鼻咽镜。1978年11月上海市医学会举行了复会后的第一次耳鼻咽喉科年会，收到论文汇编96篇，基本上均属临床研究、临床成果或经验总结，大会交流46篇，另就五官科肿瘤及中耳手术作了专题讲座，到会近200人。此后定期召开学术年会，1980年、1984年召开年会，逐渐形成专题交流模式。1999年年会上名誉主任委员王正敏教授做了“耳鼻喉科世纪之交的遐思”的报告，对新世纪耳鼻喉科的发展提出了指导性的思路。2011年年会在新华医院召开，本次年会以专题圆桌会议为主要形式，形成本届年会的一大亮点，耳科、头颈、鼻科的圆桌会议分别由各三级学科的著名专家迟放鲁、周梁和王德辉教授主持。
90年代以后专科分会积极组织召开形式多样的全国性和国际性学术会议。1996年10月，由中华医学会耳鼻咽喉科学会和中华耳鼻咽喉科杂志编委会组织召开的“全国梅尼埃病和突发性耳聋诊断标准及疗效评定标准”学术会议在上海召开，本次会议主要议题是讨论并制订全国统一的梅尼埃病和突发性耳聋诊断标准及疗效评定标准，从1995年6月就开始了此标准草案拟定筹备工作，由全国5个地区的10位编委征求各地专家的意见分别起草，上海地区的王正敏、金西铭教授参与了此项工作。中华医学会第七届耳鼻咽喉科学术会议2001年8月在上海召开，代表1100人，创新记录，首次设立英语分会场，首次采用国际通用展板张贴形式，使得本次会议基本与国际形式接轨。2006年4月14～16日，召开了上海第二届耳鼻咽喉头颈外科国际学术会议，会议邀请了40多位来自13个国家和地区的国内外一流的耳鼻咽喉—头颈外科专家进行专题报告和学术交流。2012年7月13日-15日，第五届上海国际耳鼻咽喉头颈外科会议在上海国际会议中心成功举办，在此次会议回顾了耳鼻咽喉头颈外科分会成立、发展、壮大的60多年的历程，涵盖了耳鼻咽喉头颈外科分会自身发展、交流、援外等丰富多彩的活动，展示了上海市医学会耳鼻咽喉头颈外科分会的风采。东方耳鼻咽喉-头颈外科论坛是眼耳鼻喉科医院为核心单位推出的上海市医学会东方系列品牌会议之一，每两年举办一次，是面向国际、国内耳鼻咽喉头颈外科学界的学术盛会。首届东方论坛于2014年10月在上海举办，搭建一个优势互补、资源共享，多学科交叉融合的交流平台。2016年10月，第二届东方论坛在上海国际会议中心举行，本次会议共设立了两个主会场、八个分论坛，晚间另设立耳及侧颅底手术解剖、鼻及鼻颅底手术解剖直播。
响应号召，积极参与政府组织的活动。1952年受卫生部委托，由桂世济教授主编《耳鼻喉科学及其护理法》（华东医务生活出版社）出版。1951～1952年，医务工作者以实际行动参加抗美援朝保家卫国运动，争先报名参加，本会会员中首批出发者有吴学愚、王璁、潘祖章；第二批有魏能润、沈艮祥等，潘祖章、魏能润两位医师还光荣立功。1955年分会协助卫生局审订耳鼻喉科器械产品规格，协助中国医药公司设计及改进各种耳鼻喉科器械。1957年6月，与上海市卫生局、上海市医疗器械工业公司等举办了“上海市耳鼻咽喉科器械展览会”，展出器械1000余件，参观人数约500余人。2007年起，接受上海市卫生计生委委托，开展实施住院医生规范化培训。2011年起组织了全市住院医师培训统一教学，地点固定在眼耳鼻喉科医院。2016年，迟放鲁教授主编的《住院医师规范化培训耳鼻咽喉科示范案例》正式出版，标志着住院医生规范化培训已步入正轨。
二、学会荣誉
荣获上海市医学会2004年～2005年度、2008年度、2010年度、2012年度、2014年～2016年度优秀专科委员会，以及2007年度、2009年度、2011年度表扬专科委员会。